Kuuluisat Lascaux'n luolat sijaitsevat noin 200 km sisämaahan Bordeaux'sta katsottuna. Luolat ovat kuuluisia maalauksistaan, jotka ovat todennäköisesti noin 17 000 vuotta vanhoja.

Maalaukset tehneet ihmiset kuuluivat 20 000 - 13 000 vuotta sitten eläneeseen niin sanottuun Madeleine-kulttuuriin, eli jääkauden loppupuolen metsästyskulttuuriin, jonka edustajia oli laajemmalti Ranskan eteläosissa ja Espanjan pohjoisosissa. Kaikkein vanhimmat merkit ihmisasutuksesta näillä seuduilla ovat kuitenkin jo 25 000 vuoden takaa, läheltä Lascaux'n luonia, Lausselista.

Vaikka Bordeaux'n seudulla onkin ollut ihmisiä jo selvästi kymmenien tuhansien vuosien ajan, ovat vanhimmat itse kaupungin lähistöltä löytyneet merkit ihmisasutuksesta 5200 vuoden takaa. Pronssikaudelta (noin 1800 vuotta ennen ajanlaskua) on jo enemmän löytöjä, tosin merkkejä kylän kaltaisesta paikasta on vasta ajalta noin 600 ennen ajanlaskun alkua.

Kaupungin nimi juontuu kelttien paikalle antamasta nimestä Burdigala. Burdigala puolestaan tulee todennäköisesti sanoista "burd" ja "gala", jotka tarkoittivat "suolla olevaa suojaisaa paikkaa".

Keltit asuivat tällä Garonne- ja Drodogne-jokien liitoskohdassa olleella soisella seudulla noin 400-300 eaa. Yleisemmin alue tunnetaan nimellä Aquitanie, eli Akvitania, "veden maa", mutta tämä nimi on peräisin roomalaisilta.

Roomalaiset saapuivat vuonna 56 eea. Tämä tiedetään tarkasti siitä, että he pystyttivät valloituksensa kunniaksi muistomerkin, mihin oli kirjoitettu "Bituriges Vivisques". Bituriges Vivisques olivat viimeisiä Bordeaux'n alueella olleita kelttejä. Koko kaupungin nykyinen keskusta perustuu roomalaisten suunnittelulle, sillä esimerkiksi pitkä nykyinen kävelykatu Saint Catherine on alun perin roomalaisten tekemä tie, kaupungintalon edessä oleva aukio on roomalainen, ja roomalaisvaikutusta on lähes joka puolalla historiallisessa keskustassa. Kaikkein näkyvin jäänne on kuitenkin Palais Galien, ammoinen areena, jonka rauniot tuovat mieleen pienen Colosseumin.

Rooman vallan aikaan Bordeaux sai myös kaupungin tulevaisuuteen paljon vaikuttaneen tulokkaan: biturrikan Albaniasta. Kyseessä olivat viiniköynnökset. Yllättäen ne menestyivät hyvin Bordeaux'n maaperässä ja ilmastossa. Pian viiniä vietiin muuallekin; muita kauppatavaroita olivat tina, keramiikka, kupari ja vilja.

 Ajanlaskun alussa Bordeaux'ssa oli noin 20 000 asukasta.

Kun Rooma romahti, oli jokivarressa oleva Bordeaux läpikulkupaikka monille heimoille. Kansainvaellusten aikaan sen ottivat haltuunsa vuoronperään muun muassa vandaalit ja visigootit, kunnes frankkikuningas Clovis (tai Klodvig) alkoi valloittaa alueita, joista myöhemmin muodostui Ranska. Hänen tarkoituksenaan 500-luvun alussa oli muodostaa yksi, laaja katolinen valtio.

Kun Clovis kuoli, alkoivat naapurit kahmia takaisin himoitsemiaan alueita. Akvitanian valtasivat ensin Navarran alueen vasgonit, sitten arabit, sen jälleen germanit ... kunnes 800-luvun puolivälissä saatiin paikalle pohjoismaista väriä: viikingit. He koettivat ryöstää Bordeaux'n kaksi kertaa, kunnes lopulta onnistuivat ja tappoivat samalla melkein kaikki sen asukkaat.

Nykymuotoinen Ranska syntyi vuonna 843, kun Kaarle Suuren pojat jakoivat Ranskan alueet omiksi hallintoalueikseen. Akvitaania oli yksi näistä.

Sitten tuli Satavuotinen sota Ranskan ja Englannin välillä ja se sai aikaan sen, että 1200-luvulta aina 1400-luvulle Akvitania oli englantilaisten siirtomaa. Kun sota päättyi vuonna 1450, ajettiin englantilaiset saman tien pois.

Sen jälkeen Bordeaux kehittyi nopeasti, mutta tässä auttoi lisäksi myös maailmantilanne ja tekniikan kehittyminen. Kun kaupankäynti kaukomaiden kanssa lisääntyi ja tärkein suunta tälle kaupalle oli länteen sekä etelään, oli Bordeaux juuri oikeassa paikassa: sinne saattoi tuoda jokia pitkin tavaraa sisämaasta, ja merikelpoiset laivat pääsivät Garonnea pitkin hieman sisämaahan kaupungin kohdalle suojaiseen paikkaan rahtiaan purkamaan ja lastaamaan. Siinä, missä nykyisin lenkkeillään ja kävellään, oli aikanaan laivoja ja vilkasta kaupankäyntiä; Place de la Boursen edessä oli paikka arvovaltaisimmille vieraille, koska siitä pääsi suoraan sisälle vanhaan kaupunkiin.

Paitsi että kaupunkiin tuotiin tavaraa muualta, tuotettiin alueella paljon viiniä ja muita tuotteita. Kaupinki vaurastui. 1700-luku oli Bordeaux'n kulta-aikaa ja suurin osa kaupungin keskustan kauniista rakennuksista tehtiin tuolloin Pariisia paljon jäljitellen. Itsekin asun 1700-luvun puolivälissä tehdyssä talossa.

Tärkeimmät kauppatavarat olivat viini ja orjat. Orjakauppa on Bordeaux'n historian vähemmän tunnettu puoli, mutta se on olennainen osa kaupunkiin kerääntynyttä vaurautta. Ihmisiä tuotiin Afrikasta, myytiin Bordeaux'n satamassa eteenpäin ja lähetettiin Amerikkaan. Kauppa loppui viimein vuonna 1848, kun orjuus ja kaikki siihen liittyvä toiminta kiellettiin Ranskassa.

1700-luvun lopussa Bordeaux oli Ranskan suurin vientisatama ja Euroopan toiseksi suurin Lontoon jälkeen. Kuten satamakaupungit yleensä, väki täällä oli hyvin erilaista. Oli köyhiä ja todella rikkaita, eri uskontokuntia ja paljon ulkomaalaisiakin. Asukkaita vuonna 1790 oli 110 000.

Kun Ranskan vallankumous alkoi vuonna 1789, liittyi Bordeaux mukaan vain kolme päivää Bastiljin valtauksen jälkeen. Yli 300 paikallista eliitin ja kuninkaan edustajaa mestattiin pikavauhtia. Tämän seurauksena talouselämä romahti ja kaupankäynti pysähtyi lähes kokonaan.

Tilannetta pahensi edelleen teollinen vallankumous, joka vei taloudellisen toimeliaisuuden painopistetta Ranskan pohjoisosaan ja Englantiin. Uudet laivat saattoivat myös purjehtia helposti sieltä, joten maantieteellisestä asemasta ei ollut enää suurta etua. Bordeaux'n satama oli myös vanhanaikainen, tehty purjelaivoille. Niinpä esimerkiksi Le Havre ja Marseille menivät uusine satamineen pian ohitse.

Bordeaux'ssa oli kuitenkin paljon laivanrakennusta, ja lisäksi suuri osa liikenteestä Ranskan merentakaisiin siirtomaihin Antilleilla kulki edelleen sen kautta. Vientiin meni viiniä ja puuta Landesin alueen suurista metsistä. Takaisin laivat toivat rommia, ruokosokeria, kalaa ja siirtomaiden eksoottisia tuotteita.

1800-luvun alussa kaupungissa rakennettiin paljon, mutta sen jälkeen toimeliaisuus hiipui alkaakseen uudelleen vuosisadan vaihteen aikaan, jolloin Ranska alkoi päästä kunnolla mukaan uuteen aikaan.

Maailmansodat eivät tuhonneet onneksi Bordeaux'n kaupunkia, mutta sotien vaikutukset tunnettiin sielläkin. Kun Yhdysvallat lopulta päätti tulla mukaan ensimmäiseen maailmansotaan, saapuivat jenkkisotilaat Eurooppaan Bordeaux'n kautta. Toisen maailmansodan aikaan alue oli saksalaisten miehittämä, ja sinne tehtiin mm. suuri sukellusveneiden tukikohta. Ruma, saksalaispiirrustusten mukaan italialaisten aseveljien tekemä betonirakennelma on edelleen olemassa, tosin nyt kulttuurikäyttöön muutettuna.

Henkisesti Bordeaux jysähti paikoilleen toisen maailmansodan jälkeen. Pormestariksi tuli Jacques-Chaban Delmas, joka oli sodan jälkeen kuuluisa 31-vuotias vastarintaliikkeeseen osallistunut poliitikko, mutta joka vähitellen tyytyi vain pitämään asioita ennallaan. Muutamia kaupungin merkkirakennuksia tehtiin hänen aikanaan, kuten suuri Pont d'Aquitanie -silta, kongressikeskus ja Mériadeckin betonikortteli. Yleisesti ottaen kaupunki kuitenkin nukkui ja rapistui hänen kanssaan 1990-luvulle saakka.

Vuonna 1995 Alain Juppé valittiin kaupungin johtoon. Hän käynnisti välittömästi muutosohelman, jolla kaupunkiin koetettiin saada lisää toimeliaisuutta ja kaupunkikuvaa muutettua nykyaikaisemmaksi. Muutosohjelman tärkeimmät suunnitelmat olivat joenvarren rappioalueiden uudistaminen puistomaisiksi kävelyalueiksi, historiallisen keskustan muuttaminen autottomaksi ja raitiotieverkon tekeminen.

Vuonna 2004 Juppé erosi, koska sai syytteen väärinkäytöksistä aikaisempiin valtakunnanpolitiikkaan ja presidentiksi tulleen Pariisin entisen pormestarin Jacques Chiracin rahoituskuvioihin liittyvissä asioissa.

Silti jo kahta vuotta myöhemmin Juppé tuli uudelleen pormestariksi ja hän olikin lähes kaupungin diktaattori aina tähän vuoteen saakka, jolloin hän siirtyi sivuun ja antoi paikkansa

Nyt Bordeaux on Ranskan alueen yksi nopeimmin kasvavista keskuksista. Kaupungissa on noin 240 000 asukasta ja Bordeaux'n metropolialueella asuu kaikkiaan noin 750 000 ihmistä.